Vi erbjuder

I gränslandet mellan biologi och data

Det blir allt enklare och billigare att generera stora mängder data om organismers genuppsättning och proteinproduktion. Men vem ska analysera alla dessa data? Bioinformatiker, med förståelse för både biologi och datahantering, tar nu plats som en av nyckelkompetenserna inom forskningen.

Den klassiska vetenskapliga devisen att först ställa upp en hypotes och sedan testa den, håller på att modifieras inom den moderna biologin. Nu kan man istället gå igenom en organisms eller en grupp patienters hela arvsmassa, proteinproduktion eller ämnesomsättning och först därefter, utifrån stora mängder data, vaska fram hypoteser kring funktion och sjukdomsmekanismer. Upprättandet av biobanker har bidragit till nya möjligheter att göra mycket omfattande studier.

I takt med att biologins ansikte förändras, måste också naturvetare förnya sig. Det är här som bioinformatiker, med förståelse för de biologiska processerna kombinerad med kunskaper inom IT, matematik, modellering och datahantering, kommer in.

– Om vi ska kunna utnyttja de nya storskaliga metoderna fullt ut – genomiken, proteomiken, metabolomiken – behöver vi bioinformatiker, inte minst inom medicin och sjukvård. Där skapas jättestora datamängder, säger Ulf Gyllensten, professor i medicinsk molekylärgenetik vid Uppsala universitet.

Tekniken springer ifrån

Den tekniska utvecklingen håller idag på att springa ifrån den kunskapsmässiga, menar Ulf Gyllensten.

– Maskinerna som producerar data, där går det framåt, men däremot är forskarvärlden inte beredd på att kunna ta hand om resultaten. I Uppsala påbörjades utbildningen i bioinformatik för ett antal år sedan, men då fanns inte arbetsmarknaden. Nu har verkligheten kommit ifatt och det är väldigt roligt för dem som går den här utbildningen idag, de kommer att vara guld värda, när de går ut.

Ulf Gyllensten är en av cheferna för genomikplattformen vid Science for Life Laboratory, Sci Life Lab, i Uppsala. Sci Life Lab som också finns i Stockholm, är ett samarbete mellan Uppsala och Stockholms universitet samt Karolinska Institutet och Kungliga Tekniska högskolan. Det är en del av regeringens strategiska satsningar inom molekylära biovetenskaper och från och med 2013 ska det bli ett nationellt forskningsinstitut. Sci Life Lab erbjuder idag resurser för akademiska forskare som behöver tillgång till teknologier inom bland annat genomik, proteomik och bioimaging.

– I genomikplattformarna finns bioinformatiker som stöd för de forskare som använder sig av plattformarna. De hjälper till med försöksupplägg och i de första stegen efter den laborativa delen i projektet, berättar Maria Sörby, som är administrativ chef för Sci Life Lab i Uppsala. Trots den hjälp plattformarna tillhandahåller är behovet ändå stort för att hantera de stora datamängder som analyserna genererar.
 

Kugge i forskningsmaskineriet

Om man utbildar sig till biolog, datavetare, biomedicinare eller civilingenjör i bioteknik kan en master- eller magisterutbildning i bioinformatik ge de kunskaper som behövs för att bli en viktig kugge i forskningsmaskineriet framöver.

– Våra studenter är väldigt efterfrågade bland många forskargrupper i Sverige och utomlands och efterfrågan har ökat tydligt de sista två åren, säger Margareta Krabbe, programansvarig för civilingenjörsprogrammet i Molekylär bioteknik med inriktning Bioinformatik samt en internationell masterutbildning i bioinformatik vid Uppsala universitet.

Utbildningen kräver att man har läst ganska mycket matematik och datavetenskap. Samtidigt är förståelsen för biologin viktig. Margareta Krabbe berättar om datavetare som har tyckt att de kan lära sig den biologi de behöver på två veckor.

– Det är lite optimistiskt och arrogant. Det går att jobba med bioinformatik även om man inte är biolog, men med bra kunskaper inom både datavetenskap och biologi blir förmodligen arbetsuppgifterna lättare att genomföra och resultatet av bättre kvalitet.

Ökat intresse

Vid Högskolan i Skövde, där man har en magisterutbildning i bioinformatik, har man märkt av ett ökat intresse från både akademi och industri, och efterfrågan på magisterstudenter än större än vad utbildningen kan "leverera".

– Efterfrågan på bioinformatiker har ökat de senaste 2-3 åren. Vi har fått mer förfrågningar från företag, forskningsorganisationer med flera, men intresset bland studenterna har inte riktigt hängt med, kommenterar programansvarig Angelica Lindlöf.

Hon tror att företagen inte har varit tillräckligt tydliga i sin annonsering efter bioinformatiker – på Arbetsförmedlingen finns det inte många annonser för yrket. Ett annat problem är att studenterna inte har en klar bild över vad bioinformatik är och vad en bioinformatiker gör.

– Kombinationen av biologi och datavetenskap i sig gör det också svårt att locka studenter till det här området.

Mastersutbildningen i Uppsala har inte heller fått in så många studenter som man hade hoppats på.

– Vi behöver bli bättre på att nå ut med att det finns ett växande behov av den här kompetensen. Vad är bioinformatik idag? Vad jobbar man som när man är klar? säger Margareta Krabbe.

Det är inte alla som delar uppfattningen om att guldåldern för bioinformatiker sträcker sig bortom den akademiska forskningen.

– Det är nog tämligen svårt att få jobb som ”bioinformatiker” som masters- eller magisterutbildad utanför den akademiska världen, men om du fortsätter som doktorand, så okar chanserna avsevärt, säger Carl-Johan Högberg, utbildningskoordinator vid Stockholms universitet, där man också har en Masterutbildning i bioinformatik.

Idag läser 65 studenter på olika Master- och magisterprogram inom bioinformatik i Sverige. Carl-Johan Högberg tror att marknaden skulle mättas ganska snabbt om fler började utbilda sig på området.

– Vi har inte kommit till ett läge där läkemedelsföretagen kommer att gå ut och anställa stora antal bioinformatiker, säger han.

Kerstin Lindblad-Toh, vetenskaplig chef för Sci Life Lab i Uppsala, nyanserar bilden av behov och efterfrågan.

– Det är både brist och samtidigt så växer kompetensen, säger hon. Jag skulle uppskatta att vi har 60-100 som jobbar med bioinformatik här på Sci LifeLab i Uppsala och lika många i Stockholm.

Prata samma språk

Kerstin Lindblad-Toh är också chef för ryggradsdjurens genom på Broad Institute , som tillhör Harvard och Massachusetts Institute of Technology, MIT. Institutet är ett av de ställen i världen som tidigt har insett behovet av kompetens på bioinformatikområdet.

– Det finns väldigt mycket bioinformatiker och matematiker på Broad, berättar hon. Det kommer att behövas fler med den här kompetensen framöver, som kan ställa rätt frågor eller åtminstone prata samma språk som biologer och läkare.

Om man som doktorand upptäcker att man behöver kunskaper inom bioinformatik, så finns det kortare kurser att gå under forskarutbildningen.

– Men det här är en ut bildning som behöver ta mer än en vecka, påpekar Ulf Gyllensten. Det krävs att man verkligen kan kombinera datakunskap och biologi. 

Senast uppdaterad:
Naturvetarna sparar viss data (cookies) för att ge dig en bättre upplevelse. Genom att använda Naturvetarnas webbplats godkänner du detta / Om cookies