När de medicinska labben går bet i identifieringen av bakterier finns hjälp att få. Några biomedicinska analytiker och en kemist på Sahlgrenska universitetssjukhuset ger besked. Där finns en unik samling av bakterier som leder rätt.
Publicerad:
Någon har blivit biten av katt. Såret vill inte läka utan blir allt mer infekterat. På sjukhuset tas ett prov som skickas till ett mikrobiologiskt laboratorium där det odlas och analyseras. Ganska snabbt kan rätt behandling sättas in, men man kan inte säkert säga vilken bakterieart det handlar om.
– Det är där vi kommer in i bilden. Labbet skickar då bakterien till oss och vi går vidare med analyser i flera steg för att ta reda på vilken bakterie det är, säger Elisabeth Inganäs, leg. biomedicinsk analytiker på CCUG som ingår i Klinisk mikrobiologi på Sahlgrenska universitetssjukhuset i Göteborg.
Unik samling
I de flesta fall kan bakterien artbestämmas, men ibland är det en okänd art. I identifieringen använder de sig av den egna samlingen och databasen, liksom av publika gensekvensdatabaser. I samlingen finns idag runt 55 000 bakterieisolat fördelade på omkring 4 500 arter. Av varje art finns flera isolat lagrade i det kylskåps-kalla kylrummet.
De kan till exempel vara hämtade från olika patienter vid olika tidpunkter. De äldsta är från 1968, då en framsynt och noggrann forskare såg värdet i att identifiera och katalogisera bakterier.
– Vi förvaltar och utvecklar det arvet, säger Elisabeth Inganäs, som är en av fyra biomedicinska analytiker på labbet.
Hon påminner om bakteriernas korta reproduktionstid som gör att de snabbt kan förändras och anpassa sig till nya villkor.
– Genom att förvara bakterierna frystorkade bromsas den processen, där vi försöker hålla oss så nära ursprunget som möjligt.
Detektivarbete
När de berättar om det detektivarbete som ligger bakom varje identifiering blir man fascinerad.
– Av de åttahundra isolat som vi identifierar varje år är omkring tio helt nya arter som inte är beskrivna tidigare, förklarar Liselott Svensson Stadler, disputerad biolog och enhetschef.
Tjusningen med jobbet är att träffa rätt.
– Men det är också spännande när vi hittar nya arter, säger Elisabeth Inganäs.
En stor del av samlingen Culture Collection, University of Göteborg – CCUG, är tillgänglig på webben. Där kan vem som helst gå in och leta efter ett specifikt bakterieisolat och även se vilka analyser som är gjorda. Där finns också välkända bakterier som E. coli (upptäckt 1895) och Helicobacter pylori, som orsakar magsår. Den upptäcktes 1986 och renderade ett Nobelpris.
– Det ingår i vårt uppdrag att vara pub-lika och öppna med vår kunskap, säger
Liselott Svensson Stadler.
Mellan himmel och jord
Fördelen är att bakterier i samlingen görs tillgängliga för andra, vilket kan komma till nytta i forskningen. Samma bakteriestam kan då studeras vidare eller användas i någon tillämpning.
– När man vill beskriva och publicera en ny bakterieart måste man göra den tillgänglig för andra i en stamsamling. I de flesta fall skickas de till oss på en agarplatta eller i ett transportrör som håller bakterierna vid liv.
De flesta bakterier som hamnar här för identifiering kommer från det egna labbet men även från andra mikrobiologiska labb i landet.
De får också in bakterier som hittas i miljön, allt mellan himmel och jord, till exempel sådana som kan ställa till problem i tillverkning av till exempel läkemedel och livsmedel.
– Företag måste ha koll på vilka bakterier som förekommer i deras lokaler. De kan komma från människors hår eller händer. Även från vatten och annat kan det slinka in bakterier som man behöver ha identifierade, säger Elisabeth Inganäs.
Bakterier till salu
Bakterierna i samlingen är intressanta för bland annat forskare och företag som utvecklar nya diagnostiska verktyg. Även skolor, som använder bakterierna i undervisningen kan köpa isolat av bakterier. De distribueras frystorkade och väcks till liv med värme, vätska och näring i en buljong.
– En viktig del av samlingen är de stammar som används för kvalitetskontroll på mikrobiologiska laboratorier, vilket möjliggör jämförelser mellan laboratorier över tid.
Även resistenta bakterier som MRSA finns i samlingen.
– Det kan vara intressant att följa utvecklingen av resistenta bakterier och se förändringar över tid, säger Liselott Svensson Stadler.
Palle Liljebäck
chefredaktör
